No artigo 5º. do Regimento Interno, a Missão da FACAPE está assim descrita:

Exercer uma ação integrada das atividades de ensino, pesquisa e extensão, visando à universalização da educação superior de qualidade, à promoção do desenvolvimento das ciências, artes e à formação de cidadãos com visão técnica, científica e humanística, capazes de enfrentar desafios e atender às demandas da sociedade.

Em coerência com o descrito em seu instrumento regulador, a visão de futuro da FACAPE neste PDI, para o período 2011/2015, atribui prioridade a consolidação da gestão ética e democrática, efetivada pelo respeito a liberdade e ao senso da autonomia crítica e responsável, implicados numa prática acadêmica que busca a formação de profissionais competentes e cidadãos comprometidos com a transformação das disparidades sociais e da degradação ambiental da região.